Nas ciências biológicas, o termo pequena molécula refere-se a um composto orgânico não peptídico pequeno que é biologicamente ativo. Moléculas pequenas como materiais de pesquisa têm muitas vantagens, uma vez que podem ser projetadas para serem seletivas, potentes, solúveis em água ou permeáveis às células. Consequentemente, eles encontraram aplicações úteis como agonistas e antagonistas de GPCRs, assim como inibidores de enzimas, ligantes de receptores nucleares e moduladores de canais iônicos.
Muitas drogas comumente usadas são pequenas moléculas porque, diferentemente dos peptídeos e proteínas, podem ser projetadas para serem metabolicamente estáveis e ativas por via oral. Como resultado, pequenas moléculas tornaram-se componentes essenciais do repertório dos cientistas biológicos.