Nossa mais nova parceira: 10X Genomics

September 18, 2019

 

 

Temos o prazer em divulgar nossa mais nova parceria de representação exclusiva da Pensabio com a 10X Genomics com foco em transcriptômica e epigenômica de single cell. Veja abaixo os detalhes da tecnologia e como funciona.

 

O Sistema Chromium em conjunto com a tecnologia NextGem, possibilita ensaios precisos a partir de centenas de micro-reações individuais de célula-a-célula.

 

A 10x oferece ainda um workflow simples desde o preparo de amostras até análise dos dados:

 

 


Particionamento e identificação das moléculas e amostras

 

Fracione sua amostra em milhares de partículas em apenas alguns minutos, onde cada molécula terá uma identidade e, portanto, informação própria.

 

Cada Gel Bead é infundido com milhões de sequências únicas de oligonucleotídeos Beads e amostras são então adicionadas a uma solução de óleo surfactante para criar Gel Beads in EMulsion (GEMs), que atuarão como vesículas de reação individuais. Cada GEM é recoberta por milhares de moléculas de oligonucleotídeos (Barcodes) que se ligam ao material genético de cada células lisada (Figura 1).

 

Esses oligonucleotídeos são específicos para cada tipo de aplicação a seguir, assim, criando bibliotecas compatíveis com os sequenciadores Illumina.

 

Figura 1. Esquema demonstrativo da composição de GEMs (Gel Beads in Emulsion). Exemplo de uma gotícula particionada com célula T, Gel bead funcionalizada, reagentes para transcrição reversa recoberta pelo óleo surfactante.


 

As soluções 10X Genomics já possibilitaram novas descobertas importantes, especialmente no âmbito da neurociência, oncologia e regulação celular. Explore todas as aplicações e soluções descritas abaixo para saber como essa tecnologia poderá contribuir para a sua pesquisa em uma escala e resolução anteriormente inacessíveis.

 

 

a. Transcriptoma de Single Cell (expressão gênica 3´)


A Solução Chromium de Expressão Gênica de Single Cellfornece uma solução abrangente e precisa para caracterização de células e perfis de expressão gênica de centenas a dezenas de milhares de células. Permite que você detecte transcritos exclusivos por célula e, com a adição da tecnologia Feature Barcoding, você pode obter uma leitura molecular mais completa por célula - identificar perturbações mediadas por CRISPR específicas de cada célula ou medir simultaneamente a expressão gênica e a expressão de proteínas de membrana na mesma célula.
 

Vá além da análise de expressão gênica tradicional para caracterizar as populações de células, tipos de células, estados de células e muito mais. Avalie desde a heterogeneidade do tumor, composição de células-tronco, seleção de populações neuronais e muito mais com os avanços tecnológicos fornecidos pela Solução de Expressão Gênica de Single Cell Chromium. Veja também, ferramentas de software Turnkey, que permitem a criação de bibliotecas de alta complexidade a partir de células individuais para maximizar insights de qualquer tipo de amostra (Figura 2).

 

 

Pontos chaves:

  • Identificação e caracterização de tipos celulares raros;

  • Análise e compreensão da heterogeneidade celular no ambiente tecidual;

  • Fenotipagem celular, descoberta de biomarcadores, tipos e estados de células sem a necessidade de alvos pré-selecionados. Tudo isso utilizando RNA-seq de célula única para identificar novos alvos;

  • Avaliação dos perfis de expressão de mRNA e proteína de superfície celular dentro da mesma célula;

  • Alta capacidade e alta resolução em dezenas de milhares de células simultaneamente;

  • Análise de eficiência e especificidade de perturbações por CRISPR.

 

b. Perfil Imunológico de Single Cell(expressão gênica 5’)


A solução de Perfil Imunológico de Single Cell é uma abordagem abrangente para examinar simultaneamente o contexto celular da resposta imune adaptativa e repertórios imunes de centenas a dezenas de milhares de células T e B em humanos ou camundongos, na resolução célula-a-célula. Com a adição da tecnologia Feature Barcoding, você também pode detectar e analisar leituras celulares adicionais, como marcadores de superfície celular e especificidade de antígenos, para melhorar a fenotipagem de células imunológicas e estudar interações dinâmicas entre linfócitos e células-alvo.

 

Com essa aplicação simples e rápida, é possível revelar insights sobre a diversidade de células T e B, recombinação V(D)J e perfil de células imunológicas. A combinação perfeita para pesquisas focadas em imunologia, imuno-oncologia, doenças infecciosas entre outras aplicações que compreendem o sistema imune adaptativo (Figura 3).

 

Pontos chaves:

  • Anotação de sequências de genes V(D)J de comprimento total;

  • Análise comparativa de sequências de TCR de cadeia α e β de células T individuais;

  • Sequências de imunoglobulina de cadeias pesadas e leves (Ig) de células B individuais com resolução completa do isotipo;

  • Medição de TCR, Ig de células B, expressão de proteínas de superfície celular e expressão gênica 5 ’nas mesmas células e ao mesmo tempo;

  • Ligação de sequências de cadeia α e β de comprimento total, emparelhadas, com especificidade de TCR-pMHC;

  • Avaliação simultânea da expressão de proteínas da superfície celular com expressão gênica.

 

c. Epigenômica de Single Cell– ATAC seq

 

A solução Chromium Single Cell ATAC (ensaio de cromatina transposase acessível) acelera a compreensão do panorama regulatório do genoma, fornecendo, assim, ideias sobre a variabilidade celular. O perfil de cromatina de dezenas de milhares de células individuais em paralelo permite aos pesquisadores ver como a compactação da cromatina e as proteínas de ligação ao DNA regulam a expressão gênica em alta resolução.

 

Além disso, a solução da 10X inclui ferramentas de análise intuitivas e de visualização refinada de vias reguladoras de genes em células individuais. A solução Chromium Single Cell ATAC pode ser usada para estudar a plasticidade do desenvolvimento, a heterogeneidade celular e muito mais (Figura 4).

 

 

Pontos chaves:

  • Descobrir a heterogeneidade celular decorrente da variabilidade epigenética;

  • Compreender melhor as vias reguladoras na expressão gênica;

  • Definir tipos de células e linhagens;

  • Acelerar a descoberta de novos biomarcadores.

 

d. Transcriptoma Espacial

 

Entender as células em seu contexto morfológico é fundamental para poder entender sua função. Realize análises de alto rendimento de todos os mRNAs em uma seção de tecido intacto, com um único experimento (Figura 5).

 

Clique na imagem para ampliar.

 

 

 

Para saber mais sobre essa matéria, fale com um de nossos especialistas, no e-mail suporte@pensabio.com.br ou no telefone: Tel: (11) 3868.6500.

 

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