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Pensabio News #1

January 13, 2020

 

Já pensou em observar o transcriptoma total com alta resolução e ainda manter as informações e características morfológicas do seu tecido?

 

Com a tecnologia Visium da 10x Genomics agora você pode visualizar o perfil de expressão gênica mantendo as informações morfológicas do seu tecido.
 

A relação entre as células e sua localização no tecido é fundamental para entender o desenvolvimento normal e até em condições patológicas como o surgimento e evolução do câncer. A solução de expressão gênica espacial Visium avalia o mRNA total em seções de tecido intactas e mapeia onde a atividade gênica está ocorrendo. Esta solução fornece uma visão de alta resolução, nível singel-cell, da localização da variabilidade de expressão gênica, portanto, altamente aplicada ao estudo de câncer, neurociência, biologia do desenvolvimento e muito mais. Preservar o contexto espacial ao identificar grupos distintos de células oferece informações críticas sobre a relação da função celular, fenótipo e localização nos microambientes teciduais.

 

Veja o que o Visium Spatial proporciona:

  • Combinar análise de mRNA total espacialmente resolvida com contexto morfológico;

  • Obter perfis de expressão gênica de alto rendimento em uma ampla variedade de amostras;

  • Obtenha uma visão completa da complexidade da doença, mapeando onde toda a atividade gênica está ocorrendo;

  • Descubra novos destinos com análises imparciais.

Evite a necessidade de dissociar a amostra para realizar estudos de expressão gênica, mantendo a localização de cada célula na sua amostra.

 

Veja como funciona
 

O tecido fresco congelado é seccionado e colocado em uma lâmina com milhares de spots com código de barras, cada um contendo milhões de oligonucleotídeos de captura com códigos de barras espaciais exclusivo para esse local (Figura 1).

 

 

Amostras de tecido fresco congelado são seccionadas e colocadas nas quatro áreas de captura da lâmina de expressão gênica do Spatial Visium. Utilizando técnicas padrão de fixação e coloração, incluindo coloração com hematoxilina e eosina (H&E), capture a imagem no microscópio. Em seguida, o tecido é permeabilizado para liberar mRNA das células para ligação dos oligonucleotídeos com barcode espacial de cada spot distribuídos por toda a área de captura da lâmina.

Será feita a reação de transcriptase reversa para síntese de cDNA, a partir de mRNA capturado, e posteriormente os fragmentos são desnaturados. Os cDNAs com o barcode serão então agrupados e amplificados para seguir com a etapa de preparo de biblioteca. Etapas subsequentes serão imprescindíveis para a montagem dos fragmentos de cDNA que seguirão para o sequenciamento utilizando a plataforma Illumina. Com o arquivo FASTq gerado do sequenciamento, será processado e visualizado usando o software 10x Genomics (Figura 2).

 

  

Veja como se aplica
 

A heterogeneidade intra-tumoral é hoje um dos maiores desafios no tratamento do câncer. Veja o que Berglund e colaboradores, publicaram na revista Nature Communications em 2018, utilizando a tecnologia Visium Spatial.
 

 

Veja na íntegra o artigo: Berglund E, Maaskola J, Schultz N, et al. Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity.
Nat Commun. 2018 Jun 20;9(1):2419. doi: 10.1038/s41467-018-04724-5.

 

Quer saber mais sobre essa tecnologia? Entre em contato com nosso time de suporte para saber maiores informações e implantar essa tecnologia no seu laboratório.

 

Ou acesse o link:

https://www.10xgenomics.com/solutions/spatial-gene-expression/

 

 

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